Reporte Casos COVID en México

Este es un reporte sencillo sobre los casos COVID en México. Los datos están en nuestro dropbox.

Reporte casos últimos 10 días.

Inicio de Síntomas	Conteo
2022-08-14	3
2022-08-13	262
2022-08-12	2211
2022-08-11	4789
2022-08-10	8254
2022-08-09	10694
2022-08-08	14741
2022-08-07	12251
2022-08-06	11185
2022-08-05	12068

¿Como fue la pandemia para los mexicanos?

Reporte de casos reportados desde inicios de 2020 y hasta octubre de 2022.

Note

Notemos aquí una ENORME ventaja de Quarto. Si este reporte lo quisiéramos actualizar semanal o mensualmente, bastaría con cambiar el nombre del archivo al inicio y podríamos generar todo un nuevo reporte con solo cambiar una línea de código.

Reporte con código.

Ahora supongamos que sí queremos mostrar nuestro código.

Importar paqueterías

Usaremos dos librerías nuevas para poder generar tablas más estéticas en nuestros reportes.

# message=FALSE, warning=FALSE

# Omitiremos las warnings porque no queremos ensuciar nuestro reporte. Notemos que instalaremos y usaremos dos librerías nuevas.

# Instalamos librerías
#install.packages('kableExtra')
#install.packages('scales')

# Importamos librerías
library(tidyverse)
library(kableExtra)
library(scales)

# Leemos datos
df <- read_csv('data/casos_covid_agosto_2022.csv')
head(df)

# A tibble: 6 x 2
  FECHA_SINTOMAS     n
  <date>         <dbl>
1 2020-01-01       287
2 2020-01-02       233
3 2020-01-03       247
4 2020-01-04       245
5 2020-01-05       349
6 2020-01-06       345

Se ve bien pero hay una mejor opción con la librería kable.

Reporte casos últimos 10 días.

Generamos una tabla de los ultimos 10 días arreglando descendentemente por fecha de inicio de síntomas y después cambiamos los nombres de columnas.

df %>% 
  arrange(desc(FECHA_SINTOMAS)) %>% 
  head(10) %>% 
  kableExtra::kbl(col.names = c("Inicio de Síntomas","Conteo")) %>%
  kableExtra::kable_styling()

Inicio de Síntomas	Conteo
2022-08-14	3
2022-08-13	262
2022-08-12	2211
2022-08-11	4789
2022-08-10	8254
2022-08-09	10694
2022-08-08	14741
2022-08-07	12251
2022-08-06	11185
2022-08-05	12068

Gráfica

Recordemos que con ggplot podemos generar nuestras gráficas.

ggplot(df, aes(x = FECHA_SINTOMAS, y = n))+
  geom_line(color="#59d6ff")+
  labs(
    title = 'Casos COVID en México',
    subtitle = '2020 - 2022',
    x = 'Casos',
    y = 'Fecha inicio de síntomas'
  )+
  theme_dark()

Encabezados

Si queremos incluir una imagen o marca en nuestros encabezados, podemos generarlo mediante el siguiente código:

htmltools::img(src = knitr::image_uri(file.path(getwd(),"Resources", "logo.png")), 
               alt = 'logo', 
               style = 'position:absolute; top:0; right:0; padding:10px; height:100px; width:300px')

Generación de reportes en Word

Aunque hemos aprendido muchas nuevas herramientas, muchas organizaciones aún prefieren la entrega/presentación de documentos oficiales en Microsoft Word. Afortunadamente Quarto tambien nos da opciones para esto.

Aunque hasta ahora hemos utilizado documentos html, podemos generar reportes como documentos en word.

Para esto, habría que agregar estas líneas en el YAML del archivo.

---
title: "Título"
format: docx
---

Plantillas de Word

Quarto nos da la opción de generar un reporte sobre una plantilla con un formato predeterminado en Word. Para poder lograrlo hay que seguir una serie de pasos:

1. Agregar estas líneas al archivo YAML:

format:
  docx:
    reference-doc: custom-reference-doc.docx

2. Ejecutar el siguiente código en nuestra terminal:

$ quarto.cmd pandoc -o custom-reference-doc.docx \
--print-default-data-file reference.docx

3. Esto nos generará el siguiente documento: custom-reference-doc.docx que funcionará como nuestro machote. Hay que abrirlo y modificarlo conforme queramos

4. Lo guardamos y listo! Ahora si volvemos a nuestro reporte en Quarto y oprimimos render, generaremos el reporte con el estilo de la plantilla que trabajamos :D

La guía completa sobre pandoc y Word está en https://quarto.org/docs/output-formats/ms-word-templates.html.

Ejercicio 1

Supongamos que eres la directora de salud de la UNICEF. Para un evento deberás preparar un reporte sobre la vacunación de HPV en distintos países del mundo.

Utiliza el dataset hpv_unicef.csv que está en nuestro dropbox para generar un reporte que enviarás a los presidentes de cada país involucrado. Incluye cualquier información, tabla, gráfica que creas pertinetnte. El ejercicio es muy libre :)

Note

Recuerda que los presidentes (por lo general) no saben programar (como nosotros) así que no los espantes con códigos de R. Mantén tu reporte lo más sencillo posible.

Link a los datos

Ejercicio 2

Mismo contexto del ejercicio anterior pero ahora generarás un reporte para estudiantes de ingeniería biomédia que tienen contexto y conocimiento de programación. A ellos sí les interesa ver tus códigos y que sean reproducibles.

Genera el reporte pertinente.

¡Felicidades! Terminaste el curso :D

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